pysradb

• pysradb package
  • Submodules
  • pysradb.basedb module
    • BASEdb
      • BASEdb.all_row_counts()
      • BASEdb.close()
      • BASEdb.desc_table()
      • BASEdb.get_row_count()
      • BASEdb.list_fields()
      • BASEdb.list_tables()
      • BASEdb.open()
      • BASEdb.query()
  • pysradb.cli module
    • ArgParser
      • ArgParser.error()
    • CustomFormatterArgP
    • download()
    • get_geo_search_info()
    • gse_to_gsm()
    • gse_to_srp()
    • gsm_to_gse()
    • gsm_to_srp()
    • gsm_to_srr()
    • gsm_to_srs()
    • gsm_to_srx()
    • metadata()
    • parse_args()
    • pretty_print_df()
    • search()
    • srp_to_gse()
    • srp_to_srr()
    • srp_to_srs()
    • srp_to_srx()
    • srr_to_gsm()
    • srr_to_srp()
    • srr_to_srs()
    • srr_to_srx()
    • srs_to_gsm()
    • srs_to_srx()
    • srx_to_srp()
    • srx_to_srr()
    • srx_to_srs()
  • pysradb.download module
    • download_file()
    • get_file_size()
    • md5_validate_file()
    • millify()
  • pysradb.exceptions module
    • IncorrectFieldException
    • MissingQueryException
  • pysradb.filter_attrs module
    • expand_sample_attribute_columns()
    • guess_cell_type()
    • guess_strain_type()
    • guess_tissue_type()
  • pysradb.geodb module
    • GEOdb
      • GEOdb.geo_convert()
      • GEOdb.gse_metadata()
      • GEOdb.gse_to_gsm()
      • GEOdb.gsm_metadata()
      • GEOdb.gsm_to_gse()
      • GEOdb.guess_srp_from_gse()
    • download_geodb_file()
  • pysradb.search module
    • EnaSearch
      • EnaSearch.search()
    • GeoSearch
      • GeoSearch.info()
      • GeoSearch.search()
    • QuerySearch
      • QuerySearch.get_df()
      • QuerySearch.get_plot_objects()
      • QuerySearch.search()
      • QuerySearch.show_result_statistics()
      • QuerySearch.visualise_results()
    • SraSearch
      • SraSearch.get_uids()
      • SraSearch.search()
  • pysradb.sradb module
    • SRAdb
      • SRAdb.download()
      • SRAdb.gse_to_gsm()
      • SRAdb.gse_to_srp()
      • SRAdb.gsm_to_gse()
      • SRAdb.gsm_to_srp()
      • SRAdb.gsm_to_srr()
      • SRAdb.gsm_to_srs()
      • SRAdb.gsm_to_srx()
      • SRAdb.search_by_expt_id()
      • SRAdb.search_sra()
      • SRAdb.sra_metadata()
      • SRAdb.srp_to_gse()
      • SRAdb.srp_to_srr()
      • SRAdb.srp_to_srs()
      • SRAdb.srp_to_srx()
      • SRAdb.srr_to_gsm()
      • SRAdb.srr_to_srp()
      • SRAdb.srr_to_srs()
      • SRAdb.srr_to_srx()
      • SRAdb.srs_to_gsm()
      • SRAdb.srs_to_srx()
      • SRAdb.srx_to_srp()
      • SRAdb.srx_to_srr()
      • SRAdb.srx_to_srs()
    • download_sradb_file()
  • pysradb.sraweb module
    • SRAweb
      • SRAweb.close()
      • SRAweb.create_esummary_params()
      • SRAweb.fetch_ena_fastq()
      • SRAweb.fetch_gds_results()
      • SRAweb.format_xml()
      • SRAweb.get_efetch_response()
      • SRAweb.get_esummary_response()
      • SRAweb.gse_to_gsm()
      • SRAweb.gse_to_srp()
      • SRAweb.gsm_to_gse()
      • SRAweb.gsm_to_srp()
      • SRAweb.gsm_to_srr()
      • SRAweb.gsm_to_srs()
      • SRAweb.gsm_to_srx()
      • SRAweb.search()
      • SRAweb.sra_metadata()
      • SRAweb.srp_to_gse()
      • SRAweb.srp_to_srr()
      • SRAweb.srp_to_srs()
      • SRAweb.srp_to_srx()
      • SRAweb.srr_to_gsm()
      • SRAweb.srr_to_srp()
      • SRAweb.srr_to_srs()
      • SRAweb.srr_to_srx()
      • SRAweb.srs_to_gsm()
      • SRAweb.srs_to_srx()
      • SRAweb.srx_to_gsm()
      • SRAweb.srx_to_srp()
      • SRAweb.srx_to_srr()
      • SRAweb.srx_to_srs()
      • SRAweb.xml_to_json()
    • get_retmax()
    • xmlescape()
  • pysradb.taxid2name module
  • pysradb.utils module
    • TqdmUpTo
      • TqdmUpTo.update_to()
    • confirm()
    • copyfileobj()
    • get_gzip_uncompressed_size()
    • mkdir_p()
    • order_dataframe()
    • path_leaf()
    • requests_3_retries()
    • run_command()
    • scientific_name_to_taxid()
    • unique()
  • Module contents