pysradbΒΆ
- pysradb package
- Submodules
- pysradb.cli module
ArgParserCustomFormatterArgPdoi_to_gse()doi_to_identifiers()doi_to_srp()download()geo_matrix()get_geo_search_info()gse_to_gsm()gse_to_pmid()gse_to_srp()gsm_to_gse()gsm_to_srp()gsm_to_srr()gsm_to_srs()gsm_to_srx()metadata()parse_args()pmc_to_identifiers()pmid_to_gse()pmid_to_identifiers()pmid_to_srp()pretty_print_df()search()sra_to_pmid()srp_to_gse()srp_to_pmid()srp_to_srr()srp_to_srs()srp_to_srx()srr_to_gsm()srr_to_srp()srr_to_srs()srr_to_srx()srs_to_gsm()srs_to_srx()srx_to_srp()srx_to_srr()srx_to_srs()
- pysradb.download module
- pysradb.exceptions module
- pysradb.filter_attrs module
- pysradb.geoweb module
- pysradb.metadata_enrichment module
- pysradb.search module
- pysradb.sraweb module
SRAwebSRAweb.bioproject_to_srp()SRAweb.create_esummary_params()SRAweb.doi_to_gse()SRAweb.doi_to_identifiers()SRAweb.doi_to_pmid()SRAweb.doi_to_srp()SRAweb.extract_external_sources()SRAweb.extract_identifiers_from_text()SRAweb.fetch_bioproject_pmids()SRAweb.fetch_ena_fastq()SRAweb.fetch_gds_results()SRAweb.fetch_gsm_soft()SRAweb.fetch_pmc_fulltext()SRAweb.format_xml()SRAweb.geo_metadata()SRAweb.get_efetch_response()SRAweb.get_esummary_response()SRAweb.gse_to_gsm()SRAweb.gse_to_pmid()SRAweb.gse_to_srp()SRAweb.gsm_to_gse()SRAweb.gsm_to_srp()SRAweb.gsm_to_srr()SRAweb.gsm_to_srs()SRAweb.gsm_to_srx()SRAweb.metadata()SRAweb.pmc_to_identifiers()SRAweb.pmid_to_gse()SRAweb.pmid_to_identifiers()SRAweb.pmid_to_pmc()SRAweb.pmid_to_srp()SRAweb.search()SRAweb.search_pmc_for_external_sources()SRAweb.sra_metadata()SRAweb.sra_to_pmid()SRAweb.srp_to_gse()SRAweb.srp_to_pmid()SRAweb.srp_to_srr()SRAweb.srp_to_srs()SRAweb.srp_to_srx()SRAweb.srr_to_gsm()SRAweb.srr_to_pmid()SRAweb.srr_to_srp()SRAweb.srr_to_srs()SRAweb.srr_to_srx()SRAweb.srs_to_gsm()SRAweb.srs_to_pmid()SRAweb.srs_to_srx()SRAweb.srx_to_gsm()SRAweb.srx_to_pmid()SRAweb.srx_to_srp()SRAweb.srx_to_srr()SRAweb.srx_to_srs()SRAweb.xml_to_json()
get_retmax()xmlescape()
- pysradb.taxid2name module
- pysradb.utils module
- Module contents