pysradb

• pysradb package
  • Submodules
  • pysradb.cli module
    • ArgParser
      • ArgParser.error()
    • CustomFormatterArgP
    • doi_to_gse()
    • doi_to_identifiers()
    • doi_to_srp()
    • download()
    • geo_matrix()
    • get_geo_search_info()
    • gse_to_gsm()
    • gse_to_pmid()
    • gse_to_srp()
    • gsm_to_gse()
    • gsm_to_srp()
    • gsm_to_srr()
    • gsm_to_srs()
    • gsm_to_srx()
    • metadata()
    • parse_args()
    • pmc_to_identifiers()
    • pmid_to_gse()
    • pmid_to_identifiers()
    • pmid_to_srp()
    • pretty_print_df()
    • search()
    • sra_to_pmid()
    • srp_to_gse()
    • srp_to_pmid()
    • srp_to_srr()
    • srp_to_srs()
    • srp_to_srx()
    • srr_to_gsm()
    • srr_to_srp()
    • srr_to_srs()
    • srr_to_srx()
    • srs_to_gsm()
    • srs_to_srx()
    • srx_to_srp()
    • srx_to_srr()
    • srx_to_srs()
  • pysradb.download module
    • download_file()
    • get_file_size()
    • md5_validate_file()
    • millify()
  • pysradb.exceptions module
    • IncorrectFieldException
    • MissingQueryException
  • pysradb.filter_attrs module
    • expand_sample_attribute_columns()
    • guess_cell_type()
    • guess_strain_type()
    • guess_tissue_type()
  • pysradb.geoweb module
    • GEOweb
      • GEOweb.download()
      • GEOweb.get_download_links()
    • download_geo_matrix()
    • parse_geo_matrix_to_tsv()
  • pysradb.metadata_enrichment module
    • EmbeddingMetadataExtractor
      • EmbeddingMetadataExtractor.extract_metadata()
    • LLMMetadataExtractor
      • LLMMetadataExtractor.extract_metadata()
    • MetadataExtractor
      • MetadataExtractor.enrich_dataframe()
      • MetadataExtractor.extract_batch()
      • MetadataExtractor.extract_metadata()
    • apply_dataframe_enrichment()
    • create_metadata_extractor()
    • load_ontology_reference()
  • pysradb.search module
    • EnaSearch
      • EnaSearch.search()
    • GeoSearch
      • GeoSearch.info()
      • GeoSearch.search()
    • QuerySearch
      • QuerySearch.get_df()
      • QuerySearch.get_plot_objects()
      • QuerySearch.search()
      • QuerySearch.show_result_statistics()
      • QuerySearch.visualise_results()
    • SraSearch
      • SraSearch.get_uids()
      • SraSearch.search()
  • pysradb.sraweb module
    • SRAweb
      • SRAweb.bioproject_to_srp()
      • SRAweb.create_esummary_params()
      • SRAweb.doi_to_gse()
      • SRAweb.doi_to_identifiers()
      • SRAweb.doi_to_pmid()
      • SRAweb.doi_to_srp()
      • SRAweb.extract_external_sources()
      • SRAweb.extract_identifiers_from_text()
      • SRAweb.fetch_bioproject_pmids()
      • SRAweb.fetch_ena_fastq()
      • SRAweb.fetch_gds_results()
      • SRAweb.fetch_gsm_soft()
      • SRAweb.fetch_pmc_fulltext()
      • SRAweb.format_xml()
      • SRAweb.geo_metadata()
      • SRAweb.get_efetch_response()
      • SRAweb.get_esummary_response()
      • SRAweb.gse_to_gsm()
      • SRAweb.gse_to_pmid()
      • SRAweb.gse_to_srp()
      • SRAweb.gsm_to_gse()
      • SRAweb.gsm_to_srp()
      • SRAweb.gsm_to_srr()
      • SRAweb.gsm_to_srs()
      • SRAweb.gsm_to_srx()
      • SRAweb.metadata()
      • SRAweb.pmc_to_identifiers()
      • SRAweb.pmid_to_gse()
      • SRAweb.pmid_to_identifiers()
      • SRAweb.pmid_to_pmc()
      • SRAweb.pmid_to_srp()
      • SRAweb.search()
      • SRAweb.search_pmc_for_external_sources()
      • SRAweb.sra_metadata()
      • SRAweb.sra_to_pmid()
      • SRAweb.srp_to_gse()
      • SRAweb.srp_to_pmid()
      • SRAweb.srp_to_srr()
      • SRAweb.srp_to_srs()
      • SRAweb.srp_to_srx()
      • SRAweb.srr_to_gsm()
      • SRAweb.srr_to_pmid()
      • SRAweb.srr_to_srp()
      • SRAweb.srr_to_srs()
      • SRAweb.srr_to_srx()
      • SRAweb.srs_to_gsm()
      • SRAweb.srs_to_pmid()
      • SRAweb.srs_to_srx()
      • SRAweb.srx_to_gsm()
      • SRAweb.srx_to_pmid()
      • SRAweb.srx_to_srp()
      • SRAweb.srx_to_srr()
      • SRAweb.srx_to_srs()
      • SRAweb.xml_to_json()
    • get_retmax()
    • xmlescape()
  • pysradb.taxid2name module
  • pysradb.utils module
    • TqdmUpTo
      • TqdmUpTo.update_to()
    • confirm()
    • copyfileobj()
    • get_gzip_uncompressed_size()
    • mkdir_p()
    • order_dataframe()
    • path_leaf()
    • requests_3_retries()
    • run_command()
    • scientific_name_to_taxid()
    • unique()
  • Module contents