Index A | B | C | D | E | F | G | I | L | M | O | P | Q | R | S | T | U | V | X A all_row_counts() (pysradb.basedb.BASEdb method) ArgParser (class in pysradb.cli) B BASEdb (class in pysradb.basedb) C close() (pysradb.basedb.BASEdb method) (pysradb.sraweb.SRAweb method) confirm() (in module pysradb.utils) copyfileobj() (in module pysradb.utils) create_esummary_params() (pysradb.sraweb.SRAweb method) CustomFormatterArgP (class in pysradb.cli) D desc_table() (pysradb.basedb.BASEdb method) download() (in module pysradb.cli) (pysradb.sradb.SRAdb method) download_file() (in module pysradb.download) download_geodb_file() (in module pysradb.geodb) download_sradb_file() (in module pysradb.sradb) E EnaSearch (class in pysradb.search) error() (pysradb.cli.ArgParser method) expand_sample_attribute_columns() (in module pysradb.filter_attrs) F fetch_ena_fastq() (pysradb.sraweb.SRAweb method) fetch_gds_results() (pysradb.sraweb.SRAweb method) format_xml() (pysradb.sraweb.SRAweb static method) G geo_convert() (pysradb.geodb.GEOdb method) GEOdb (class in pysradb.geodb) GeoSearch (class in pysradb.search) get_df() (pysradb.search.QuerySearch method) get_efetch_response() (pysradb.sraweb.SRAweb method) get_esummary_response() (pysradb.sraweb.SRAweb method) get_file_size() (in module pysradb.download) get_geo_search_info() (in module pysradb.cli) get_gzip_uncompressed_size() (in module pysradb.utils) get_plot_objects() (pysradb.search.QuerySearch method) get_retmax() (in module pysradb.sraweb) get_row_count() (pysradb.basedb.BASEdb method) get_uids() (pysradb.search.SraSearch method) gse_metadata() (pysradb.geodb.GEOdb method) gse_to_gsm() (in module pysradb.cli) (pysradb.geodb.GEOdb method) (pysradb.sradb.SRAdb method) (pysradb.sraweb.SRAweb method) gse_to_srp() (in module pysradb.cli) (pysradb.sradb.SRAdb method) (pysradb.sraweb.SRAweb method) gsm_metadata() (pysradb.geodb.GEOdb method) gsm_to_gse() (in module pysradb.cli) (pysradb.geodb.GEOdb method) (pysradb.sradb.SRAdb method) (pysradb.sraweb.SRAweb method) gsm_to_srp() (in module pysradb.cli) (pysradb.sradb.SRAdb method) (pysradb.sraweb.SRAweb method) gsm_to_srr() (in module pysradb.cli) (pysradb.sradb.SRAdb method) (pysradb.sraweb.SRAweb method) gsm_to_srs() (in module pysradb.cli) (pysradb.sradb.SRAdb method) (pysradb.sraweb.SRAweb method) gsm_to_srx() (in module pysradb.cli) (pysradb.sradb.SRAdb method) (pysradb.sraweb.SRAweb method) guess_cell_type() (in module pysradb.filter_attrs) guess_srp_from_gse() (pysradb.geodb.GEOdb method) guess_strain_type() (in module pysradb.filter_attrs) guess_tissue_type() (in module pysradb.filter_attrs) I IncorrectFieldException info() (pysradb.search.GeoSearch class method) L list_fields() (pysradb.basedb.BASEdb method) list_tables() (pysradb.basedb.BASEdb method) M md5_validate_file() (in module pysradb.download) metadata() (in module pysradb.cli) millify() (in module pysradb.download) MissingQueryException mkdir_p() (in module pysradb.utils) module pysradb pysradb.basedb pysradb.cli pysradb.download pysradb.exceptions pysradb.filter_attrs pysradb.geodb pysradb.search pysradb.sradb pysradb.sraweb pysradb.taxid2name pysradb.utils O open() (pysradb.basedb.BASEdb method) order_dataframe() (in module pysradb.utils) P parse_args() (in module pysradb.cli) path_leaf() (in module pysradb.utils) pretty_print_df() (in module pysradb.cli) pysradb module pysradb.basedb module pysradb.cli module pysradb.download module pysradb.exceptions module pysradb.filter_attrs module pysradb.geodb module pysradb.search module pysradb.sradb module pysradb.sraweb module pysradb.taxid2name module pysradb.utils module Q query() (pysradb.basedb.BASEdb method) QuerySearch (class in pysradb.search) R requests_3_retries() (in module pysradb.utils) run_command() (in module pysradb.utils) S scientific_name_to_taxid() (in module pysradb.utils) search() (in module pysradb.cli) (pysradb.search.EnaSearch method) (pysradb.search.GeoSearch method) (pysradb.search.QuerySearch method) (pysradb.search.SraSearch method) (pysradb.sraweb.SRAweb method) search_by_expt_id() (pysradb.sradb.SRAdb method) search_sra() (pysradb.sradb.SRAdb method) show_result_statistics() (pysradb.search.QuerySearch method) sra_metadata() (pysradb.sradb.SRAdb method) (pysradb.sraweb.SRAweb method) SRAdb (class in pysradb.sradb) SraSearch (class in pysradb.search) SRAweb (class in pysradb.sraweb) srp_to_gse() (in module pysradb.cli) (pysradb.sradb.SRAdb method) (pysradb.sraweb.SRAweb method) srp_to_srr() (in module pysradb.cli) (pysradb.sradb.SRAdb method) (pysradb.sraweb.SRAweb method) srp_to_srs() (in module pysradb.cli) (pysradb.sradb.SRAdb method) (pysradb.sraweb.SRAweb method) srp_to_srx() (in module pysradb.cli) (pysradb.sradb.SRAdb method) (pysradb.sraweb.SRAweb method) srr_to_gsm() (in module pysradb.cli) (pysradb.sradb.SRAdb method) (pysradb.sraweb.SRAweb method) srr_to_srp() (in module pysradb.cli) (pysradb.sradb.SRAdb method) (pysradb.sraweb.SRAweb method) srr_to_srs() (in module pysradb.cli) (pysradb.sradb.SRAdb method) (pysradb.sraweb.SRAweb method) srr_to_srx() (in module pysradb.cli) (pysradb.sradb.SRAdb method) (pysradb.sraweb.SRAweb method) srs_to_gsm() (in module pysradb.cli) (pysradb.sradb.SRAdb method) (pysradb.sraweb.SRAweb method) srs_to_srx() (in module pysradb.cli) (pysradb.sradb.SRAdb method) (pysradb.sraweb.SRAweb method) srx_to_gsm() (pysradb.sraweb.SRAweb method) srx_to_srp() (in module pysradb.cli) (pysradb.sradb.SRAdb method) (pysradb.sraweb.SRAweb method) srx_to_srr() (in module pysradb.cli) (pysradb.sradb.SRAdb method) (pysradb.sraweb.SRAweb method) srx_to_srs() (in module pysradb.cli) (pysradb.sradb.SRAdb method) (pysradb.sraweb.SRAweb method) T TqdmUpTo (class in pysradb.utils) U unique() (in module pysradb.utils) update_to() (pysradb.utils.TqdmUpTo method) V visualise_results() (pysradb.search.QuerySearch method) X xml_to_json() (pysradb.sraweb.SRAweb static method) xmlescape() (in module pysradb.sraweb)